إن منهاج الطريقة هو التطبيق العملي للشرع قولاً وعملاً وأخلاقاً، بإصلاح ظاهر السالك وباطنه قال تعالى ﴿وَذَرُواْ ظَٰهِرَ ٱلإِثْمِ وَبَاطِنَهُ﴾[الآية 6 سورة الأنعام]، وذلك بصحبة الشيخ الوارث المربي الذي لا يكتفي بتعليم مريده أمور دينه بصورة نظرية بحتة، وإنما يأخذ بيده لتطبيق أحكام الشرع عملياً، يثني عليه إذا أحسن، وينبهه إذا زلّ، ويتفقده إذا غاب، ويذكّره إذا نسي، ويزكّي قلبه إذا قسا، ويحفزه إذا فتر، ويحنو عليه، ويحبه محبة الوالد لولده، قاصداً بذلك وجه الله تعالى، وبذلك يكتسب المريد الصفات الحميدة، ومعرفة الله، ويداوي عيوب وآفات نفسه.
إن رسالة الإرشاد والتزكية قائمة من لدن رسول الله صلى الله عليه وسلم إلى الوارّث الذين ورثوا عنه صلى الله عليه وسلم العلم والمعرفة والأخلاق الطيبة التي بعث صلى الله عليه وسلم ليتممها، وقد اعتاد الناس عبر السنين الأخذ بهؤلاء الورّاث المرشدين وصحبتهم التي بها تزكو النفوس وترتقي الأرواح وتتم مكارم الأخلاق وتعالج القلوب وتتحصن بالعقيدة الصحيحة من مداخل الشيطان ويزداد الإيمان بصحبتهم وطاعة الله معهم.
وللطريقة الخلوتية الجامعة الرحمانية أركان سبعة هي: الحب والامتثال والذكر والفكر والصمت والعزلة (الخلوة) والصوم (الجوع). وأصول هذه الأركان في كتاب الله وسنة رسول الله صلى الله عليه وسلم وسيرة آله وأصحابه والسلف الصالح رضي الله عنهم أجمعين، كما أن للطريقة أوراد يومية راتبة وأوراد اختيارية يتم تلقيها وتلقينها من الشيخ المرشد لتكون زاداً للسالكين في طريقهم إلى الله، يداوي أمراض نفوسهم، ويصقل قلوبهم ويدفع البلاد والحزن والهم والغم عنهم، ويجلب لهم السكينة والأنس والصبر والرضى وغير ذلك، وقد تميزت الطريقة بحرصها على أداء الذكر بكل أشكاله وأنواعه سرها وجهرها، وفردياً وجماعياً، قرآناً وتسبيحاً وتهليلاً وتكبيراً وصلاة على رسول الله صلى الله عليه وسلم والذكر بالأسماء وغيرها.